राज्य सरकार के मंत्रिमंडल सचिवालय की अधिसूचना संख्या ऐफ २७(५) मंमं २००९ दिनांक 19.12.2009 के द्वारा अल्पसंख्यकों से सम्बंधित मामलों पर बल देना सुनिक्षित करने और अल्पसंख्यक समुदायो के लाभ के लिए समग्र नीति तैयार करने और योजना समन्वयन मुख्यांकन ढांचे एवं विकास कार्यक्रमों के मूल्यांकन तथा समीक्षा करने के लिए अल्पसंख्यक मामलात विभाग का गठन किया गया हैं, जिसमें निम्नांकित कार्य सम्पादित किये जायेंगे:-

1. प्रधानमंत्री जी के नये १५ सूत्री कार्यक्रम का क्रियान्वयन
2. अल्पसंख्यक समुदाय हेतु मैट्रिक छात्रवृत्ति उत्तर मैट्रिक छात्रवृत्ति, मेरिट-कम-मीन्स छात्रवृत्ति
3. मौलाना आज़ाद एजुकेशनल फाउंडेशन से सम्बन्धी कार्य
4. राजस्थान राज्य अल्पसंख्यक आयोग के द्वारा अल्पसंखयकों के विकास की प्रगति का मूल्यांकन व् हितों के संरक्षण का कार्य
5. राजस्थान अल्पसंख्यक वित्त एवं विकास सहकारी निगम लिमिटेड के माध्यम से ऋण का वितरण
6. अल्पसंख्यक समुदाय के कल्याण सम्बन्धी कार्य
7. राजस्थान वक़्फ़ सम्पत्तियों सम्बन्धी कार्य
8. मदरसा शिक्षा गुणवक्तायुक्त कार्य
9. १५ दिसंबर २०१० की मंत्रिमंडल आज्ञा से राजस्थान हज कमेटी, मदरसा बोर्ड अल्पसंख्यक विभाग को हस्तानांतरित किये गये । राजस्थान वक़्फ़ बोर्ड का प्रशाशनिक विभाग प्रमुख शासन सचिव अल्पसंख्यक मामलात को बनाया गया ।